Program Studi Magister Agroekoteknologi dibuka berdasarkan Surat Keputusan MENRISTEKDIKTI Nomor 275/KPT/I/2017, tanggal 14 Juni 2017. Program Studi Magister Agroekoteknologi Fakultas Pertanian Universitas Malikussaleh merupakan program Strata Dua (S2), yang berorientasi Akademik dan Profesional. Pembukaan Program Studi Magister Agroekoteknologi dimaksudkan untuk menjawab dinamika perkembangan ilmu pertanian yang semakin kompleks di era globalisasi. Menjawab tantangan yang semakin besar dan kompleks, maka dibutuhkan Sumber Daya Manusia (SDM) yang handal dan profesional serta mampu menyesuaikan diri dengan perkembangan zaman.
Program Studi Magister Agroekoteknologi bertujuan untuk menghasilkan peneliti dan praktisi handal yang dapat mengembangkan dan memanfaatkan potensi lokal untuk mendukung perkembangan dan pembangunan pertanian serta menghasilkan sumber daya manusia yang ahli dibidang pertanian.
Program Studi Magister Agroekoteknologi memiliki beberapa keunggulan (1) Staf pengajar yang berkualifikasi pendidikan S3 alumni dari dalam dan luar negeri. (2) Bidang kajian yang ditawarkan yaitu Agronomi dan Bioteknologi, Ilmu Tanah dan Pengendalian Organisme Pengganggu Tanaman (POPT). (3) Sarana dan prasarana laboratorium yang terdiri dari (1) Laboratorium Agroekoteknologi (2) Laboratorium Kultur Jaringan Tanaman (3) Laboratorium Ilmu-Ilmu Dasar Pertanian (4) Laboratorium Hama dan Penyakit Tanaman (5) Laboratorium Ilmu Tanah (6) Kebun Percobaan dan Buah Tropika